Rond 1990 is het idee geboren om in Dordrecht een sterrenwacht op te richten. Na ruim acht jaar, op 21 oktober 1998, is Sterrenwacht Mercurius feestelijk geopend.

Aanvankelijk was het plan om voor de realisatie van de sterrenwacht nieuwbouw te plegen. Toen daarvan de kosten te hoog bleken te zijn om via sponsoring te financieren, is gebruik gemaakt van een reeds bestaand pand dat gelegen is in en in gebruik was bij het natuur- en recreatiegebied De Hollandse Biesbosch. Door dit gebouw te renoveren en te voorzien van een flinke aanbouw, werd aan de wensen tot een geschikt onderkomen voldaan.

Tijdens de opening in 1998 was er een permanente tentoonstelling over ruimtevaart, weer- en sterrenkunde, en een projectieruimte waarin films en presentaties gegeven konden worden.

Het eerste jaar was er geen financiële draagkracht voor een koepel van 5,75 meter doorsnede en een telescoop. In de periode tussen de opening van de sterrenwacht en de fondsenwerving voor de koepel, is overleg geweest met de zeevaartschool in Rotterdam. Zij hadden een oude Carl Zeiss telescoop uit 1922 in bezit die niet meer werd gebruikt. Na overleg is deze kijker door de zeevaartschool aan de sterrenwacht geschonken. Op 8 april 1999 is er op de negen meter hoge toren van de sterrenwacht de aluminium koepel geplaatst, en op 15 april 1999 is de telescoop uit Rotterdam eigendom geworden van Sterrenwacht Mercurius.

In eerste instantie was de sterrenwacht alleen in de weekenden geopend en werd gerund door vrijwilligers. Vanuit het onderwijs werd regelmatig een beroep gedaan om de sterrenwacht ook op werkdagen te openen voor het ontvangen van schoolklassen. Hierdoor werd op 10 oktober 2001 een verzoek gedaan aan de gemeente Dordrecht om financiële steun voor het aanstellen van twee vaste krachten, die dagelijkse openstelling van de sterrenwacht mogelijk zouden maken. Sinds 5 augustus 2003 is een vijf daagse opening een feit. Door deze maatregel was sterrenwacht Mercurius in één klap de sterrenwacht met de ruimste openingsuren van alle sterrenwachten in Nederland en mag zich ook een van de grootste sterrenwachten van Nederland noemen.

Sterrenwacht Mercurius ligt midden in het Nationaal park De Hollandse Biesbosch. Door samenwerking met onder andere het in dit gebied gelegen Biesboschcentrum Dordrecht en het Stayokay Hostel, voorziet sterrenwacht Mercurius mede in een toeristische behoefte.